การลอบสังหารนักบุญทอมัสโดยนายช่างแฟรงก์ จากฉากประดับแท่นบูชาที่ว่าจ้างให้ทำในปี ค.ศ. 1424 สมาคมพ่อค้าอังกฤษแห่งแฮมเบิร์กหีบวัตถุมงคลที่เป็นภาพเรื่องราวชีวิตของการสังหารและงานศพของนักบุญทอมัส จากหีบแบบฝรั่งเศสที่สร้างราว ค.ศ. 1180 สำหรับไพรออร์เบเนดิค — ผู้เห็นการฆาตกรรม — เพื่อใช้ในการนำเรลิกของนักบุญทอมัสไปยังแอบบีปีเตอร์บะระห์ที่นักบุญทอมัสเคยเป็นอธิการอยู่ที่นั่น

ในเดือนมิถุนายน ค.ศ. 1170 อาร์ชบิชอปแห่งยอร์กและบิชอปแห่งลอนดอนและซอลสบรีก็จัดพระราชพิธีราชาภิเษกพระเจ้าเฮนรียุวกษัตริย์พระราชโอรสในพระเจ้าเฮนรีที่ 2 ที่ยอร์ก ซึ่งเป็นการขัดกับอภิสิทธิ์ของแคนเตอร์บรีในการเป็นสถานที่สำหรับทำการราชาภิเษก ในเดือนพฤศจิกายน ค.ศ. 1170 แบ็กกิตจึงประกาศทั้งสามพระองค์จากคริสตจักร ขณะที่บิชอปทั้งสามองค์หนีไปยังนอร์ม็องดี แบ็กกิตก็ดำเนินการประกาศการตัดขาดจากศาสนาต่อศัตรูหลายคนทางศาสนา ในที่สุดข่าวนี้ก็ไปถึงพระกรรณของพระเจ้าเฮนรี

เมื่อรายงานต่าง ๆ ของการกระทำของแบ็กกิตมาถึงพระกรรณ กล่าวกันว่าพระเจ้าเฮนรีถึงกับทรงผงกพระเศียรจากพระแท่นที่ประชวรอยู่และทรงคำรามด้วยความอัดอั้นพระทัย แต่พระราชดำรัสเนื่องในโอกาสดังกล่าวที่แท้จริงนั้นไม่มีผู้ใดทราบ แต่ตามปากคำของเรื่องที่เล่าขานกันมากล่าวว่า พระองค์ตรัสเปรยว่า "ไม่มีผู้ใดแล้วหรือที่จะกำจัดนักบวชผู้มีแต่ปัญหาองค์นี้ได้"[7] แต่ตามความเห็นของนักประวัติศาสตร์ไซมอน ชามาพระราชดำรัสดังกล่าวนี้ไม่ถูกต้อง และยอมรับว่าน่าจะเป็นบทเขียนของนักบันทึกพระราชประวัติร่วมสมัยเอ็ดเวิร์ด กริมที่เขียนเป็นภาษาละตินผู้บันทึกว่า "ไอ้คนที่ทรยศหลอกลวงทั้งหลายที่ข้าได้เลี้ยงได้ขุนขึ้นมาในราชสำนัก ทำไมจึงปล่อยให้ข้าถูกปฏิบัติด้วยอย่างน่าละอาย โดยนักบวชอันไม่มีชาติตระกูลเช่นนี้?"[8][9]

แต่ไม่ว่าจะเป็นพระราชดำรัสใด ผลของเนื้อหาของพระราชดำรัสก็ถูกตีความหมายว่าเป็นพระราชโองการ ที่ทำให้อัศวินสี่คนที่รวมทั้งเรจินาลด์ ฟิทซ์เอิร์ส ฮิวจ์เดอมอร์วิลล์ ลอร์ดแห่งเวสต์มอร์แลนด์, วิลเลียมเดอเทรซี และ ริชาร์ดเลอเบรตองเดินทางไปเผชิญหน้ากับอาร์ชบิชอปแห่งแคนเทอร์เบอรี เมื่อวันที่ 29 ธันวาคม ค.ศ. 1170 อัศวินทั้งสี่ก็ไปถึงแคนเทอร์เบอรี จากบันทึกเหตุการณ์ของนักบวชเจอร์วาสแห่งแคนเทอร์เบอรีและเอ็ดเวิร์ด กริมผู้เห็นเหตุการณ์ อัศวินทั้งสี่วางอาวุธภายใต้ต้นซิคามอร์นอกมหาวิหารและคลุมเสื้อเกราะด้วยเสื้อคลุมยาวก่อนที่จะเข้าไปเผชิญหน้ากับแบ็กกิต[10] อัศวินบอกแบ็กกิตให้เดินทางไปยังวินเชสเตอร์เพื่อไปให้การเกี่ยวกับการกระทำที่ผ่านมาของตน แต่แบ็กกิตปฏิเสธ เมื่อแบ็กกิตปฏิเสธไม่ยอมทำตามพระราชประสงค์ของพระมหากษัตริย์ อัศวินจึงกลับไปนำอาวุธที่ซ่อนไว้กลับเข้ามาในมหาวิหาร[10] ขณะเดียวกันแบ็กกิตก็รีบเดินไปยังห้องโถงหลักสำหรับทำพิธี อัศวินทั้งสี่พร้อมด้วยดาบก็วิ่งตามไปทันที่ใกล้ประตูทางเข้าระเบียงฉันนบถ บันไดที่ลงไปยังคริพท์ และ บันไดที่ขึ้นไปยังบริเวณร้องเพลงสวดของมหาวิหาร ในบริเวณที่นักบวชกำลังทำพิธีสวดมนต์เย็น

คำบรรยายจากปากคำของผู้เห็นเหตุการณ์ร่วมสมัยมีด้วยกันหลายกระแส โดยเฉพาะของเอ็ดเวิร์ด กริมผู้ที่ได้รับบาดเจ็บระหว่างเหตุการณ์กล่าวว่า:

...อัศวินผู้ชั่วร้ายกระโดดเข้ามายังแบ็กกิต ตัดยอดหมวกสูงซึ่งเป็นสิ่งศักดิ์สิทธิ์ทางศาสนาที่อุทิศให้แก่พระเจ้า จากนั้นแบ็กกิตก็ถูกฟันเป็นครั้งที่สองที่ศีรษะ แต่ก็ยังคงยืนอยู่ได้โดยไม่เคลื่อนไหว เมื่อถูกฟันเป็นครั้งที่สาม เบ็คเค็ทก็ทรุดลงบนเข่าและข้อศอก ประทานตนเป็นเครื่องสังเวย และกล่าวด้วยเสียงเบา ๆ ว่า 'ในนามของพระเยซูและการพิทักษ์คริสตจักร ข้าพร้อมที่จะยอมรับความตาย' แต่อัศวินคนที่สามฟันทำให้เกิดแผลฉกรรจ์ขณะที่แบ็กกิตนอนแผ่ การฟันครั้งนี้ทำให้หมวกหลุดออกจากศีรษะของแบ็กกิต จนเลือดที่ขาวไปด้วยสมอง และสมองที่แดงไปด้วยเลือด สาดกระจายไปบนพื้นของมหาวิหาร คนที่มาด้วยกันกับอัศวินก็เอาเท้าเหยียบคอของนักบวชผู้ศักดิ์สิทธิ์ และมรณสักขีอันมีค่า....กล่าวต่อผู้อื่นในกลุ่มว่า 'เราไปกันเถิด เจ้าคนนี้คงไม่มีวันที่จะลุกขึ้นมาอีก'[11]

หลังจากการเสียชีวิตของแล้ว นักบวชก็เตรียมร่างของแบ็กกิตเพื่อทำการฝัง จากคำให้การของพยานบางคนกล่าวว่าแบ็กกิตสวมเสื้อซิลิสซึ่งเป็นเสื้อชั้นในที่ทำด้วยขนสัตว์ภายใต้เสื้อประจำตัวอาร์ชบิชอปเพื่อเป็นสัญลักษณ์ของการแสดงการชดใช้บาป[12] หลังจากนั้นไม่นาน ผู้มีความศรัทธาจากทั่วยุโรปก็เริ่มเดินทางมาสักการะแบ็กกิตในฐานะมรณสักขี และในปี ค.ศ. 1173 — เพียงไม่ถึงสามปีหลังจากการเสียชีวิต — แบ็กกิตก็ได้รับการประกาศเป็นนักบุญโดยสมเด็จพระสันตะปาปาอเล็กซานเดอร์ที่ 3 ที่โบสถ์นักบุญเปโตรที่เซญีในอิตาลี เมื่อวันที่ 12 กรกฎาคม ค.ศ. 1174 ท่ามกลางการปฏิวัติ ค.ศ. 1173-1174 สมเด็จพระเจ้าเฮนรีก็ทรงปวรณาพระองค์เพื่อแสดงความสำนึกผิดที่ที่บรรจุศพของแบ็กกิต

ผู้ลอบสังหารแบ็กกิตหนีไปทางตอนเหนือไปยังปราสาทแนร์สโบโรห์ที่เป็นของฮิวจ์เดอมอร์วิลล์ ลอร์ดแห่งเวสต์มอร์แลนด์ ไปอยู่ที่นั่นราวปีหนึ่ง[13] เดอมอร์วิลล์มีที่ดินอยู่ที่คัมเบรีย ซึ่งอาจจะใช้เป็นที่พักก่อนที่จะหนีกันไปอยู่ในราชอาณาจักรสกอตแลนด์ อัศวินทั้งสี่มิได้ถูกจับกุมหรือมิได้ถูกริบทรัพย์ แต่ก็มิได้ให้ความช่วยเหลือเมื่อได้รับการร้องของมาในเดือนสิงหาคม ค.ศ. 1171 สมเด็จพระสันตะปาปาอเล็กซานเดอร์ที่ 3 ทรงประกาศการตัดขาดจากศาสนาต่อบุคคลทั้งสี่ แต่ทั้งสี่คนเดินทางไปยังกรุงโรมเพื่อที่จะทำการขอขมา สมเด็จพระสันตะปาปาจึงมีพระบัญชาให้ไปเป็นอัศวินทำการพิทักษ์แผ่นดินศักดิ์สิทธิ์เป็นเวลาสิบสี่ปี[14]

ในปี ค.ศ. 1220 ซากของแบ็กกิตก็ถูกย้ายจากที่บรรจุเดิมไปยังที่ตั้งใหม่ที่เพิ่งสร้างเสร็จในชาเปลทรินิตี และตั้งอยู่ที่นั่นจนกระทั่งมาถูกทำลายในปี ค.ศ. 1538 ในช่วงเวลาเดียวกับการยุบอารามตามพระราชโองการของพระเจ้าเฮนรีที่ 8 นอกจากนั้นแล้วพระองค์ก็ยังมีพระราชโองการให้ทำลายกระดูกของแบ็กกิต และทำหลายหลักฐานทุกอย่างที่อ้างถึงแบ็กกิตด้วย[15] พื้นที่เดิมเป็นที่ตั้งของโบสถ์น้อยในปัจจุบันมีเทียนจุดเป็นเครื่องหมาย อาร์ชบิชอปในปัจจุบันฉลองศีลมหาสนิท ณ จุดนี้เพื่อเป็นอนุสรณ์แก่การเป้นมรณสักขีของแบ็กกิตและการย้ายจากที่บรรจุเดิมไปยังที่ตั้งใหม่